Transferi um livro digital duas vezes e agora ele aparece em duplicado na minha biblioteca. Estes dois exemplares contam como dois empréstimos?

Não. Embora o título possa ser adicionado várias vezes à sua biblioteca, só é contabilizado um empréstimo. Para remover exemplares duplicados, basta utilizar a função Eliminar no seu dispositivo ou aplicação de leitura.